扶養控除等申告書の個人番号記載について、従業員さん本人により記入していただくのが原則となっていますが、例外として記入しないことも認められています。

源泉所得税関係に関するFAQ（国税庁）
https://www.nta.go.jp/mynumberinfo/FAQ/gensen_qa.htm#a19

Q1-9
扶養控除等申告書の個人番号欄に「給与支払者に提供済みの個人番号と相違ない」旨の記載をすることで、個人番号の記載に代えることはできますか。

この問に対する（答）は、OKです。

個人的には、マイナンバーの管理体制に課題が残る小規模事業者にとっては、適正なマイナンバーの保管に費やす労力を減らすことからも、マイナンバー管理資料と扶養控除等申告書とは切り離す方法で、マイナンバーが記載された書類を残さない or 少しでも減らすことは、一考の価値はあると私は考えます。